Abstract
A bornavírusok (például Borna disease virus, BDV; Borna disease virus 1, BoDV-1) nem szegmentált, negatív szálú egyszálú RNS-vírusok, amelyek legmeghatározóbb jellemzője az állati, nem szegmentált, negatív szálú RNS (NNS-RNA) vírusok körében, hogy a genom transzkripciója és replikációja a gazdasejt magjában történik, nem pedig túlnyomórészt a citoplazmában[1–3]. A BDV molekuláris vizsgálatai egy kompakt, kb. 8,9–9 kb méretű genomot határoztak meg, amelyben több nyitott leolvasási keret (ORF) található, kevés transzkripciós egységbe szervezve, és amelyeket extracisztronikus terminális szekvenciák határolnak; ezek promóterként és szabályozó határokként funkcionálnak a virális RNS-szintézis során[4–8]. A génexpresszió összetett, magában foglalja mind a monocisztronikus, mind a policisztronikus poli(A)+ RNS-ek képződését, a terminációs helyeken történő gyakori átolvasást (readthrough), valamint a splicing alkalmazását bizonyos transzkriptumok esetében a kulcsfontosságú termékek, köztük a polimeráz (L) expressziójához[4–6, 9, 10]. A funkcionális rekonstitúciós és minigenom rendszerek feltérképezték a 3′ genomiális végen található cisz-aktív promóter követelményeket, és kimutatták, hogy az N és P fehérjék enkapszidálják a templátokat, amelyeket az L/P polimeráz komplex felismer, hogy replikatív és transzkripciós termékeket generáljon[11, 12]. A nukleáris organizáció és transzport tovább formálja a replikációs programot, ahol a virális „transzkriptum-foltok” (vSPOTs) és a nukleoprotein CRM1-függő exportja hozzájárul az RNP dinamikájához, valamint a poli(A)+ és poli(A)− virális RNS-ek kompartmentalizációjához[3, 13–15].
Keywords
- Bornavirus[1]
- Borna disease virus[4]
- nonsegmented negative-strand RNA virus[4]
- nuclear replication[2]
- transcription readthrough[5]
- vSPOTs[3]
- minigenome[11]
- CRM1 export[15]
- phosphoprotein P[15]
- RNA-dependent RNA polymerase L[16]
Introduction
A bornavírusok olyan NNS-RNA vírusok, amelyek promóter és génkezdő konszenzus szekvenciái illeszkednek a Mononegavirales családokban megfigyelt mintázatokhoz, ami a cisz-aktív iniciációs elemek szintjén közös negatív szálú transzkripciós logikát jelez[4, 17]. Központi mechanisztikus különbség, hogy míg a legtöbb mononegavírus főként a citoplazmában replikálódik, a bornavírusok a sejtmagban replikálódnak, ahol speciális nukleáris helyeket hoznak létre a virális RNS-szintézishez[1, 3]. A kísérleti bizonyítékok kifejezetten alátámasztják, hogy a BDV replikációja és transzkripciója a fertőzött sejtek magjában zajlik, és fertőző ribonukleoprotein komplexekhez (BDV-RNPs) kötődik, hangsúlyozva, hogy a bornavírusok RNS-szintézise nukleáris RNP-k kontextusában valósul meg[4, 13]. A nukleáris lokalizációt tovább erősíti a sejtfrakcionálás, amely kimutatta, hogy az újonnan szintetizált genomiális polaritású BDV RNS nagy része poli(A)− és túlnyomórészt a nukleáris frakcióban található, ami összhangban van a genomiális RNS nukleáris replikációjával[13].
Genome organization
A BDV genom szekvenálása és térképezése egy lineáris, kb. 8,9 kb méretű genomot azonosított, amelyben a genom mentén fő nyitott leolvasási kereteket jósoltak meg, mindkét végén nem kódoló szekvenciákkal határolva[4, 5]. Egy jelentésben öt fő ORF-et (I–V) jósoltak meg egy 8903 nt hosszúságú BDV genom szekvenciában, míg a BDV genom egy másik leírása (8910 nt) hasonlóan antiszensz információt jegyzett fel öt fő ORF-re vonatkozóan, amelyeket a 3′ terminuson 53 nt, az 5′ terminuson pedig 91 nt nem kódoló szekvencia határol[4, 5]. Az öt ORF-es keretezés mellett az antigénom-szintű térképezés három transzkripciós egységet és hat ORF-et írt le, és az összefoglaló tanulmányok szintén úgy írják le a BDV-t, mint amely hat ORF-et kódol három transzkripciós egységben, komplementer terminusokkal keretezve, ami más NNS RNA vírusokra emlékeztet[6, 7].
A legnagyobb kódoló régió (ORF V) egy megjósolt, kb. 170 kDa tömegű fehérjét kódol, amely erős homológiát mutat az NNS-RNA vírus polimerázok L-protein családjával, így a virális RNS-függő RNS-polimerázt a génkészlet 5′-proximális végére helyezi a kanonikus negatív szálú elrendezésben[4]. A konzervált szekvenciaelemzés a legmagasabb homológiát egy feltételezett katalitikus doménben azonosította, ahol az invariáns és konzervatív módon fenntartott aminosavmaradékok négy magasan konzervált motívumba (A–D) csoportosulnak, összhangban az NNS-RNA vírusok polimeráz funkciójára vonatkozó konzervált enzimatikus kényszerekkel[18]. Beszámoltak arról, hogy a fertőző BDV-RNP-k csak egyetlen BDV RNS típust tartalmaznak: a poli(A)−, negatív polaritású 9-kb RNS-t, ami alátámasztja, hogy a genomhosszúságú poli(A)− RNS az enkapszidált templát típus a fertőző RNP-kben[13].
A bornavírus genomok az NNS-RNA vírusokra jellemző szabályozó határvidékeket is hordoznak, ahol az ORF-eket nem transzlált határszekvenciák határolják, amelyek transzkripció-iniciációs és stop szignálokat tartalmaznak[8]. A terminális szekvenciák bázispárosodással serpenyőnyél-szerű (panhandle) struktúrát alkothatnak, és a BDV esetében a genomiális végek illeszkedése lehetővé tette egy terminális panhandle kialakulását, ahol az első 3 nukleotid párosítatlan maradt, összekapcsolva a terminális komplementaritást a promóter architektúrával anélkül, hogy tökéletes kettős szál kialakulására lenne szükség[5]. Fontos megjegyezni, hogy a BDV genomiális végeinek elemzése során mind a tökéletes terminális komplementaritás hiányáról, mind a terminális szekvencia heterogenitásának növekedéséről beszámoltak a hosszú távú perzisztencia során, ami azt jelzi, hogy a cisz-aktív terminális régiók változékonyak, mégis funkcionálisan toleráltak a fertőzési állapotok során[11].
A genom és a génexpressziós architektúra tömör összefoglalása érdekében az alábbi táblázat szembeállít néhány gyakran idézett szerveződési jellemzőt.
Transcription and gene expression
A BDV bornavírus génexpressziója több poliadenilált szubgenomiális RNS-t foglal magában, amelyek komplementerek a negatív szálú genommal; egy tanulmány kilenc poliadenilált szubgenomiális RNS típust azonosított, köztük hat policisztronikus poli(A)+ RNS-t és az ORF I, II és IV-nek megfelelő monocisztronikus mRNS-eket[4]. Ugyanebben az elemzésben az ORF III és V esetében nem mutattak ki monocisztronikus poli(A)+ RNS-eket, ami azt jelzi, hogy bizonyos kódoló régiók expresszióját a BDV-ben nem az egyszerű monocisztronikus üzenetek dominálják[4]. A Northern-analízisek azt is kimutatták, hogy a BDV mind mono-, mind policisztronikus RNS-eket transzkribál, és más negatív szálú RNS-vírusokhoz hasonló terminációs/poliadenilációs szignálokat használ, ami összhangban van egy stop–start transzkripciós programmal, amely mindazonáltal gyakori transzkriptum-folytonosságot eredményez a terminációs helyeken túl[5].
A termináció és a poliadeniláció különálló helyeket és egy felismerhető szignált érint. A Northern-hibridizációs kísérletek alátámasztották a specifikus terminációs helyek (T2, T3, T5 és T7) használatát, és azonosítottak egy terminációs/poliadenilációs szignál konszenzus szekvenciát, molekuláris mérföldköveket biztosítva a transzkriptum határokhoz és az átolvasási hajlamhoz[5]. A BDV figyelemre méltó az átolvasási transzkriptumok magas gyakorisága miatt is más negatív szálú RNS-vírusokhoz képest, ami azt sugallja, hogy a terminációs hatékonyság szisztematikusan szabályozott és mechanisztikusan alapvető jelentőségű lehet[5]. Valóban, a T3 átolvasása elengedhetetlen a p190 (polimeráz fehérje) expressziójához, közvetlenül összekapcsolva a termináció szuppresszióját a polimeráz rendelkezésre állásával, és ezáltal a replikációs és transzkripciós kapacitással[9].
A BDV mRNS-ek sapkázottak (capped) és poliadeniláltak, ami bizonyítja, hogy az mRNS érése összhangban van a transzláció-kompetens RNS-ek képződésével a nukleáris replikációs niche ellenére[19]. További kódolási diverzitást generál a splicing, mivel a 2,8-kb és 7,1-kb méretű RNS-ek két intront tartalmaznak, amelyek differenciális splicingon mennek keresztül, hogy több terméket, köztük G és polimeráz-rokon fehérjéket kódoló RNS-eket hozzanak létre; külön megállapítások jelzik, hogy az L expressziója splicingot és a termináció szuppresszióját igényli[6, 10]. Az iniciáció és a promóter szerkezet szintjén úgy tűnik, hogy a tökéletes terminális komplementaritás nem feltétele a magas promóter aktivitásnak, és a fokozott terminális komplementaritás nem segítette elő a replikációt a transzkripcióval szemben a BDV polimeráz esetében, ami azt jelzi, hogy a replikáció–transzkripció egyensúly nem csupán a terminális bázispárosodás erősségének függvénye[11].
Replication cycle overview
A bornavírus replikációt a nukleáris RNS-szintézis és a virális RNP-k nukleáris szerveződése határozza meg. Számos forrás szolgáltat bizonyítékot arra, hogy a BDV replikációja és transzkripciója a magban történik fertőző BDV-RNP-kkel társulva, rögzítve, hogy az RNS-szintézis funkcionális templátja egy, a nukleáris környezetben működő RNP komplex[4, 13]. A kvantitatív frakcionálási és jelölési kísérletek továbbá kimutatták, hogy az újonnan szintetizált BDV genomiális polaritású RNS nagy része poli(A)− és nukleáris, alátámasztva azt a következtetést, hogy a genomreplikáció a fertőzött sejtek magjában zajlik[13].
A különböző virális RNS-osztályokra vonatkozóan következetes kompartmentalizációs mintázat rajzolódik ki. A BDV 9-kb poli(A)− RNS nagyrészt nukleáris, míg az újonnan szintetizált poli(A)+ RNS-ek a citoplazmába transzportálódnak, ami azt jelzi, hogy az mRNS exportja és a genom visszatartása elkülönül a maghártyán keresztül[13, 14]. Kimutatták, hogy a BDV mRNS-ek transzportja energiafüggő, ami aktív exportot feltételez a passzív diffúzió helyett, mint a génexpresszió kulcsfontosságú szabályozási pontját a nukleáris bornavírus-fertőzésben[20].
A bornavírusok nukleáris vírusgyárakat is létrehoznak, amelyeket „virális transzkriptum-foltoknak” (vSPOTs) neveznek, szerkezeti kontextust biztosítva a koncentrált transzkripcióhoz/replikációhoz és a potenciálisan koordinált RNS-feldolgozáshoz a magban[1]. A BoDV-1 esetében a P-protein által vezérelt folyadék-folyadék fázisszétválás révén létrejött vSPOT-ok jelen vannak a magban, és szorosan kölcsönhatásba lépnek a kromatinnal, beleértve a neuronális DNS kettős szálú törésekhez való kapcsolódást, összekötve a replikációs helyeket specifikus nukleáris szubstruktúrákkal[3]. Az RNP-k központi szerepével összhangban beszámoltak arról, hogy a csak a 9-kb RNS típust tartalmazó BDV-RNP komplexek rendelkeznek a transzkripcióhoz szükséges polimeráz aktivitással, és hordozzák azt a genetikai információt, amely a BDV makromolekulák szintézisének irányításához és fertőző BDV részecskék előállításához szükséges, összekapcsolva a genomhosszúságú RNP-ket a virális életciklus későbbi lépéseivel[21].
RNP and polymerase machinery
A BDV genomhosszúságú RNS-e RNP komplexekbe van csomagolva, amelyek N fehérjét és a virális RNS-függő RNS-polimeráz komplexet tartalmazzák, meghatározva a maggépezetet, mint egy polimeráz komplex által kötött nukleokapszid templátot[15]. Az RdRp komplex P-ből és L-ből áll, és felelős a virális genom replikációjáért és transzkripciójáért, rögzítve az L-t mint katalitikus alegységet és a P-t mint nélkülözhetetlen polimeráz kofaktort a BDV-ben[15]. A strukturális és funkcionális leírások továbbá az L-t egy kb. 192 kDa tömegű RdRp-ként határozzák meg, amely a replikációs komplex magját alkotja, elvégzi a transzkripciót és replikációt virális mRNS és új genommásolatok előállítása érdekében, és a hatékony RNS-szintézishez a P-vel társul[16].
A P fehérje-interakciós tulajdonságai mechanisztikus betekintést nyújtanak a polimeráz funkcióba. A P egy központi oligomerizációs doménen keresztül oligomerekké társul, és hidat képez az RdRp és a nukleokapszid között, valamint chaperonként szolgál az N számára, hogy azt a replikációhoz szükséges RNS-mentes formában tartsa, alátámasztva egy olyan modellt, amelyben a P koordinálja mind az enzim toborzását, mind a templát készenlétét[3]. Ezzel összhangban a P oligomerizációjának kísérleti megszakítása egy minireplikon esszében választ adott arra, hogy az oligomerizáció-defektív P mutánsok képesek-e funkcionális polimeráz komplexeket rekonstituálni; a P mutánsok egyike sem támogatta a riporterexpressziót, ami azt jelzi, hogy a P oligomerizációja szükséges a polimeráz aktivitáshoz ezen körülmények között[22]. Ezenkívül a P kofaktor aktivitását a BDV RdRp esetében a foszforiláció negatívan szabályozza, kifejezett poszt-transzlációs szabályozó eszközt biztosítva a polimeráz funkcióhoz[15].
A bornavírus nukleoprotein izoformák szintén összekapcsolják a fehérjefunkciót az intracelluláris lokalizációval. A p40-et és p38-at expresszáló kísérletek kimutatták, hogy a p40 elsősorban nukleáris, míg a p38 elsősorban citoplazmatikus, mégis mindkettő köti a BDV P foszfoproteint, ami azt sugallja, hogy az izoforma-függő lokalizáció a P-kötéssel párosulva modulálhatja az RNP összeszerelésének és/vagy funkciójának helyét[9]. A P nukleáris célzó szerepével összhangban a P egy erős bipartit nukleáris lokalizációs szignált (NLS) tartalmaz az amino-terminusánál és további gyengébb NLS motívumokat, alátámasztva a polimerázt tartalmazó komplexek nukleáris importját, mint a nukleáris RNS-szintézis mechanisztikus előfeltételét[9].
Végül, az X járulékos fehérje közvetlenül képes lefelé modulálni az RNS-szintézist a rekonstituált rendszerekben. Amikor a BDV polimeráz komplexeket X fehérjét expresszáló sejtekben rekonstituálták, nem volt kimutatható plusz szálú minigenom RNS, ami arra utal, hogy az X gátolja mind a virális transzkripciót, mind a replikációt abban a kísérleti kontextusban[23]. Ezek az megfigyelések együttesen alátámasztanak egy olyan gépezet-modellt, amelyben az L és P alkotja a katalitikus magot, a P oligomerizációja és foszforilációja szabályozza a polimeráz kompetenciát, és az olyan járulékos faktorok, mint az X, képesek elnyomni a polimeráz teljesítményét meghatározott körülmények között[15, 23].
Nuclear trafficking
A bornavírusok a nukleáris replikációt az RNP komponensek és RNS típusok szabályozott nukleocitoplazmatikus forgalmával kapcsolják össze. Közvetlen bizonyítékok utalnak arra, hogy a BDV replikációja és transzkripciója a sejtmagokban zajlik, ahol fertőző BDV RNP-k vannak jelen, és a frakcionálás azt mutatja, hogy az újonnan szintetizált genomiális polaritású RNS erősen feldúsul a nukleáris frakcióban, funkcionális késztetést adva a nukleáris import és export útvonalaknak az életciklus koordinálására[13, 21]. Az RNS transzport esszék azt jelzik, hogy az újonnan szintetizált BDV poli(A)+ RNS-ek hatékonyan transzportálódnak a citoplazmába, míg a 9-kb genomiális RNS többnyire a magban marad, bizonyítva az RNS-osztály-specifikus export viselkedést[14]. Ezenkívül az mRNS transzport energiafüggő, ATP hiányában elhanyagolható az export, ami támogatja a virális mRNS-ek aktív, gazdafaktortól függő export mechanizmusait[20].
A fehérjetranszport tekintetében a CRM1-függő export érintett a nukleoprotein esetében. Az N nukleáris exportja egy CRM1-függő útvonalon keresztül történik, ami összhangban van egy NES jelenlétével, és egy külön megállapítás hasonlóan arról számol be, hogy a BoDV-N nukleáris exportja egy CRM1-függő útvonalon keresztül zajlik, jelezve ennek az export útvonalnak a konzerváltságát a bornavírusokon belül[15, 24]. Átfogóbb összefoglalók továbbá megállapítják, hogy több BDV fehérje (köztük a nukleoprotein, a foszfoprotein, az X és az L) hozzájárul a BDV RNP nukleocitoplazmatikus transzportjához, és hogy az irányítást valószínűleg az RNP-ben lévő NLS és NES elemek aránya és kölcsönhatásai határozzák meg, a transzportot a versengő lokalizációs szignálok eredő tulajdonságaként keretezve, nem pedig egyetlen meghatározó tényezőként[25].
A nukleáris vírusgyárak kialakulása további transzport-releváns szerveződési szintet jelent. A bornavírusok vSPOT-okat hoznak létre a magban, és a BoDV-1 vSPOT-ok a P fehérje által vezérelt folyadék-folyadék fázisszétválás révén alakulnak ki, és szorosan kölcsönhatásba lépnek a kromatinnal, ami korlátozhatja a diffúziót és potenciálisan irányíthatja a transzkripciós/replikációs helyek elhelyezkedését a gazdasejt nukleáris mérföldköveihez képest[1, 3].
Reverse genetics and promoter elements
A bornavírus cisz-aktív szabályozó szignáljai a nem transzlált határ- és terminális régiókban koncentrálódnak. A BDV-ben az ORF-eket nem transzlált határszekvenciák határolják, amelyek a transzkripció iniciációjához és leállításához szükséges szabályozó szignálokat tartalmazzák, összhangban a Mononegavirales-szerű architektúrával, ahol génkezdő (gene-start) és génvég (gene-end) szignálok irányítják a polimeráz viselkedését a genom mentén[8]. Egy levezetett BDV start konszenzus szekvencia (UNCNNNUUNN) megegyezik azzal, amelyet több Mononegavirales család NNS-RNA vírusainak összehasonlításával következtettek ki, alátámasztva a polimeráz gépezet által használt iniciációs motívum konzerváltságát[4, 17]. A terminációs/poliadenilációs szignálok egy konzervált AUUUUU hatost tartalmaznak minden terminációs/poliadenilációs szignál 5′ végén, amelyet GG követ (vagy CG az ORF II-ben), miközben az ORF III esetében egy elemzésben nem tudtak feltételezett szignálokat azonosítani, ami jelzi mind a konzerváltságot, mind a motívumok detektálhatóságának hiányosságait a génhatárokon keresztül[4].
Reverz genetikai és minigenom megközelítések közvetlenül tesztelték ezeket a szabályozó elemeket. Egy RNS polimeráz I/polimeráz II rendszert állítottak fel a BDV RNS replikáció és transzkripció intracelluláris rekonstitúciójára, lehetővé téve a cisz- és transz-aktív követelmények ellenőrzött elemzését[11]. Ebben a rendszerben egy BDV RNS analógot (minigenom) szintetizál a celluláris RNS polimeráz I, amely tartalmazza a BDV polimeráz által közvetített RNS-szintézishez szükséges BDV 5′ és 3′ nem transzlált cisz-aktív szekvenciákat, összekapcsolva a terminális régiókat a promóter funkcióval a sejtekben[11]. A polimeráz I-ből származó minigenom RNS enkapszidálása plazmidon bevitt BDV N és P fehérjékkel egy olyan templátot hoz létre, amelyet a rekonstituált BDV polimeráz felismer, hogy irányítsa a teljes hosszúságú antiminigenom RNS szintézisét (replikáció) és egy riportergént kódoló szubgenomiális mRNS képződését; ez kísérletileg bizonyítja, hogy az N és P általi enkapszidáció elegendő ahhoz, hogy az RNS-t alkalmassá tegye a polimeráz általi felismerésre és a kettős kimenetű RNS-szintézisre[11].
A promóter feltérképezése tovább finomítja a cisz-aktív modellt. A downstream szekvenciák (25–33 nukleotidok) szükségesek voltak az optimális promóter aktivitáshoz, a 34–35 nukleotidok deléciója pedig megszüntette a riporter aktivitást ebben a kontextusban, azonosítva a rövid, pozíció-specifikus promóter-proximális követelményeket a 3′ genomiális promóter régióban[12]. Ezek az adatok együttesen alátámasztják azt a promóter architektúrát, amelyben a kompakt terminális szekvenciák és a közeli downstream elemek irányítják az iniciációt és a produktív replikációt/transzkripciót a rekonstituált polimeráz rendszerben[11, 12].
Persistence mechanisms
A bornavírus molekuláris perzisztenciája összefügg a genomvégek dinamikájával, a nukleáris replikációval és a speciális nukleáris organizációval. Egy „realign-and-elongation” (újraillesztés és megnyújtás) folyamat megújítja a v- és cRNS molekulák 3′ terminusait belső templátokból minden replikációs körben, ami csak akkor történhet meg, ha a terminusok teljesek, kifejezett mechanisztikus lépést biztosítva, amely minőségellenőrző pontként szolgál a genom integritásához[26]. Ez a folyamat integrált minőségellenőrzést biztosít, amely elnyomja a terminális delécióval rendelkező RNS molekulák replikációját, összekapcsolva a végjavítási logikát a defektív replikációs intermedierek elleni szelekcióval[26]. Ezzel párhuzamosan a genomiális végek elemzése hosszú távú perzisztens fertőzés során a terminális heterogenitás magasabb fokáról számolt be a perzisztensen fertőzött sejtekből származó RNS-ekben az akut időpontokhoz képest, ami azt jelzi, hogy a perzisztenciát a genomvég-variánsok eloszlásának eltolódása kíséri[11].
A perzisztencia az RNP-k stabil nukleáris kontextusával is összefügg. A bornavírusokat úgy írták le, mint amelyek az ismert állati NNS RNA vírusok közül egyedülálló módon a sejtmagban replikálódnak és transzkribálnak, ami biztosítja a celluláris kompartmentet a hosszú távú, nem citolitikus RNS-szintézishez és a nukleáris genomvég-feldolgozáshoz[2]. Ezenkívül a BoDV-1 a gazdasejt kromatinját használja állványként (scaffold) a vRNP-k felépítéséhez, ami mechanisztikusan támogathatja a perzisztenciát a magban a vRNP pozicionálásának stabilizálásával a kromatinhoz képest[27].
A gazdaválasz modulációját kísérletileg is összekapcsolták a fertőzési állapotokkal. A BDV-vel fertőzött sejtek kevesebb SEAP-ot szekretáltak, mint a kontroll (mock) sejtek Pam3CSK4 aktiválás után, ami arra utal, hogy a BDV-vel fertőzött sejtek aktívan elnyomják az NF-κB jelátvitelt, ami molekuláris szintű korrelációt mutat a megváltozott veleszületett szignalizációval a perzisztens fertőzés során[28].
Open questions
Számos molekuláris kérdés marad nyitva, vagy válik alkalmassá célzott kísérletezésre a fent összefoglalt mechanisztikus eredmények alapján.
- Milyen szekvencia- és szerkezeti meghatározók szabályozzák a BDV terminációs hatékonyságát és az átolvasási transzkriptumok magas gyakoriságát, különösen a T3-nál, ahol az átolvasás elengedhetetlen a polimeráz expressziójához[5, 9]?
- Hogyan kapcsolódnak az alternatív splicing események a 2,8-kb és 7,1-kb RNS-ekben a transzkripciós határhasználathoz, hogy a G és polimeráz-rokon termékek helyes sztöchiometriáját eredményezzék, beleértve azokat az eseteket, amikor az L expressziója splicingot és a termináció szuppresszióját igényli[6, 10]?
- Mi a kvantitatív összefüggés a perzisztencia során megfigyelt terminális heterogenitás és a promóter aktivitás között, tekintve, hogy a tökéletes terminális komplementaritás nem feltétele a magas promóter aktivitásnak, és a terminusok diverzifikálódnak a hosszú távú fertőzés során[11]?
- Hogyan koordinálódik a „realign-and-elongation” minőségellenőrzési lépés a nukleáris RNP organizációval, figyelembe véve, hogy a 3′ terminusok megújulása belső templátokból származik, és elnyomja a terminálisan deltált RNS-ek replikációját[26]?
- Mely gazdafaktorok és nukleáris mérföldkövek irányítják a P-vezérelt, fázisszétválasztott vSPOT-ok kialakulását és elhelyezkedését, amelyek kölcsönhatásba lépnek a kromatinnal és a neuronális DNS kettős szálú törésekhez kapcsolódnak[3]?
- Hogyan integrálódik a nukleoprotein CRM1-függő exportja és az energiafüggő mRNS export a poli(A)+ RNS-ek és a poli(A)− genomiális RNS kompartmentalizációjának szabályozásába a maghártyán keresztül[13, 15, 20]?
- Milyen molekuláris mechanizmus révén nyomja el az X fehérje a minigenom RNS felhalmozódását, és ez a szuppresszió hogyan kapcsolódik a polimeráz kofaktor aktivitás P-foszforiláció-függő negatív szabályozásához[15, 23]?
