Abstract
Bornaviren (z. B. Borna disease virus, BDV; Borna disease virus 1, BoDV-1) sind nicht-segmentierte, einzelsträngige Negativ-Strang-RNA-Viren, deren markantestes Merkmal unter den tierischen nicht-segmentierten Negativ-Strang-RNA-Viren (NNS-RNA) darin besteht, dass die Genomtranskription und -replikation im Zellkern des Wirts und nicht vorwiegend im Zytoplasma stattfinden [1–3]. Molekulare Studien zu BDV haben ein kompaktes, ~8,9–9 kb großes Genom mit mehreren offenen Leserahmen definiert, die in einer geringen Anzahl von Transkriptionseinheiten organisiert und von extrazistronischen terminalen Sequenzen flankiert sind, welche als Promotoren und regulatorische Grenzen für die virale RNA-Synthese fungieren [4–8]. Die Genexpression ist komplex und umfasst sowohl die Produktion von mono- als auch polyzistronischen poly(A)+-RNAs, häufiges Readthrough an Terminationsstellen sowie die Nutzung von Spleißen für die Expression wichtiger Produkte, einschließlich der Polymerase (L) in einigen Transkriptkontexten [4–6, 9, 10]. Funktionelle Rekonstitutions- und Minigenom-Systeme haben die Anforderungen an cis-aktive Promotoren am 3′-genomischen Ende kartiert und gezeigt, dass N und P Templates enkapsidieren, die vom L/P-Polymerasekomplex erkannt werden, um sowohl Replikations- als auch Transkriptionsprodukte zu erzeugen [11, 12]. Die nukleäre Organisation und der Transport prägen das Replikationsprogramm weiter, wobei virale „Speckles of Transcripts“ (vSPOTs) und der CRM1-abhängige Export von Nukleoprotein zur RNP-Dynamik und Kompartimentierung von poly(A)+ gegenüber poly(A)− viralen RNAs beitragen [3, 13–15].
Keywords
- Bornavirus[1]
- Borna disease virus[4]
- nicht-segmentiertes Negativ-Strang-RNA-Virus[4]
- nukleäre Replikation[2]
- Transkriptions-Readthrough[5]
- vSPOTs[3]
- Minigenom[11]
- CRM1-Export[15]
- Phosphoprotein P[15]
- RNA-abhängige RNA-Polymerase L[16]
Introduction
Bornaviren sind NNS-RNA-Viren, deren Promotor- und Genstart-Konsensussequenzen mit Mustern übereinstimmen, die in verschiedenen Mononegavirales-Familien beobachtet wurden, was auf eine gemeinsame Negativ-Strang-Transkriptionslogik auf der Ebene cis-aktiver Initiierungselemente hindeutet [4, 17]. Ein zentraler mechanistischer Unterschied besteht darin, dass Bornaviren im Zellkern replizieren, während die meisten Mononegaviren hauptsächlich im Zytoplasma replizieren; dort etablieren sie spezialisierte nukleäre Stellen für die virale RNA-Synthese [1, 3]. Experimentelle Belege stützen spezifisch, dass die BDV-Replikation und -Transkription in den Zellkernen infizierter Zellen stattfinden und mit infektiösen Ribonukleoproteinkomplexen (BDV-RNPs) assoziiert sind, was unterstreicht, dass die bornavirale RNA-Synthese im Kontext nukleärer RNPs erfolgt [4, 13]. Die nukleäre Lokalisation wird ferner durch Zellfraktionierung gestützt, die zeigt, dass der Großteil der neu synthetisierten BDV-RNA genomischer Polarität poly(A)− ist und sich weitgehend in der nukleären Fraktion befindet, was mit der nukleären Replikation der genomischen RNA übereinstimmt [13].
Genome organization
Die Sequenzierung und Kartierung des BDV-Genoms identifizierte ein lineares, ~8,9 kb großes Genom mit wichtigen offenen Leserahmen, die über das gesamte Genom verteilt und an beiden Termini von nicht-kodierenden Sequenzen flankiert sind [4, 5]. In einem Bericht wurden fünf Haupt-ORFs (I–V) in einer 8.903 nt langen BDV-Genomsequenz vorhergesagt, während eine andere Beschreibung des BDV-Genoms (8.910 nt) ebenfalls Antisense-Informationen für fünf Haupt-ORFs feststellte, die von 53 nt nicht-kodierender Sequenz am 3′-Terminus und 91 nt am 5′-Terminus flankiert werden [4, 5]. Zusätzlich zum Rahmen mit fünf ORFs hat die Kartierung auf Antigenom-Ebene drei Transkriptionseinheiten und sechs ORFs beschrieben, und Zusammenfassungen auf Review-Ebene beschreiben BDV ebenfalls als sechs ORFs in drei Transkriptionseinheiten kodierend, die durch komplementäre Termini eingerahmt sind, was an andere NNS-RNA-Viren erinnert [6, 7].
Die größte kodierende Region (ORF V) kodiert für ein vorhergesagtes ~170 kDa Protein mit starker Homologie zur L-Protein-Familie der NNS-RNA-Virus-Polymerasen, was die virale RNA-abhängige RNA-Polymerase an das 5′-proximale Ende des Gensatzes im kanonischen Negativ-Strang-Layout platziert [4]. Eine Analyse konservierter Sequenzen identifizierte die höchste Homologie in einer mutmaßlichen katalytischen Domäne mit invarianten und konservativ beibehaltenen Resten, die in vier hochkonservierten Motiven (A–D) gruppiert sind, was mit konservierten enzymatischen Einschränkungen der Polymerasefunktion bei NNS-RNA-Viren übereinstimmt [18]. Es wurde berichtet, dass infektiöse BDV-RNPs nur eine BDV-RNA-Spezies enthalten, die poly(A)−, negativ-polare 9-kb-RNA, was stützt, dass die genomlange poly(A)− RNA die enkapsidierte Template-Spezies in infektiösen RNPs ist [13].
Bornavirus-Genome tragen zudem regulatorische Grenzregionen, die typisch für NNS-RNA-Viren sind, wobei die ORFs von nicht-translatierten Grenzsequenzen flankiert werden, die Transkriptionsinitiations- und Stoppsignale enthalten [8]. Terminale Sequenzen können Basenpaare bilden, um eine Panhandle-ähnliche Struktur zu formen, und bei BDV ermöglichte die Ausrichtung der genomischen Termini die Bildung eines terminalen Panhandles, bei dem die ersten 3 Nukleotide ungepaart waren, was die terminale Komplementarität mit der Promotorarchitektur verknüpft, ohne eine perfekte Doppelstrangbildung zu erfordern [5]. Wichtig ist, dass Analysen der terminalen BDV-Genomsequenzen sowohl einen Mangel an perfekter terminaler Komplementarität als auch eine erhöhte terminale Sequenzheterogenität während der Langzeitpersistenz berichteten, was darauf hindeutet, dass cis-aktive terminale Regionen variabel sind, jedoch über verschiedene Infektionszustände hinweg funktionell toleriert werden [11].
Um die in diesen Quellen beschriebene Genom- und Genexpressionsarchitektur prägnant zusammenzufassen, stellt die folgende Tabelle mehrere häufig zitierte Organisationsmerkmale gegenüber.
Transcription and gene expression
Die Genexpression von Bornaviren bei BDV umfasst mehrere polyadenylierte subgenomische RNAs, die komplementär zum Negativ-Strang-Genom sind, wobei eine Studie neun Spezies polyadenylierter subgenomischer RNAs identifizierte, darunter sechs polyzistronische poly(A)+-RNAs und monozistronische mRNAs, die den ORFs I, II und IV entsprechen [4]. In derselben Analyse wurden keine monozistronischen poly(A)+-RNAs für die ORFs III und V nachgewiesen, was darauf hindeutet, dass die Expression einiger kodierender Regionen bei BDV nicht durch einfache monozistronische Botschaften dominiert wird [4]. Northern-Analysen zeigten zudem, dass BDV sowohl mono- als auch polyzistronische RNAs transkribiert und Terminations-/Polyadenylierungssignale verwendet, die an andere Negativ-Strang-RNA-Viren erinnern, was mit einem Stop-Start-Transkriptionsprogramm übereinstimmt, das dennoch eine häufige Transkriptkontinuität über die Terminationsstellen hinaus ermöglicht [5].
Termination und Polyadenylierung beinhalten diskrete Stellen und ein erkennbares Signal. Northern-Hybridisierungsexperimente stützten die Verwendung spezifischer Terminationsstellen (T2, T3, T5 und T7) und identifizierten eine Konsensussequenz für das Terminations-/Polyadenylierungssignal, was molekulare Orientierungspunkte für Transkriptgrenzen und die Readthrough-Neigung lieferte [5]. BDV ist zudem bemerkenswert für eine hohe Frequenz an Readthrough-Transkripten im Vergleich zu anderen Negativ-Strang-RNA-Viren, was impliziert, dass die Terminationseffizienz systematisch abgestimmt ist und mechanistisch essenziell sein kann [5]. Tatsächlich ist das Readthrough von T3 essenziell für die Expression von p190 (Polymeraseprotein), was die Terminationssuppression direkt mit der Verfügbarkeit der Polymerase und somit mit der Kapazität zur Replikation und Transkription verknüpft [9].
BDV-mRNAs sind gecappt und polyadenyliert, was zeigt, dass die mRNA-Reifung trotz der nukleären Replikationsnische mit der Produktion translationskompetenter RNAs übereinstimmt [19]. Zusätzliche kodierende Diversität wird durch Spleißen erzeugt, da die 2,8-kb- und 7,1-kb-RNAs zwei Introns enthalten, die differenziell gespleißt werden, um RNAs zu erhalten, die für mehrere Produkte kodieren, einschließlich G- und Polymerase-bezogener Proteine; separate Aussagen weisen darauf hin, dass die L-Expression Spleißen und die Suppression der Termination erfordert [6, 10]. Auf der Ebene der Initiation und Promotorstruktur scheint eine perfekte terminale Komplementarität nicht für eine hohe Promotoraktivität erforderlich zu sein, und eine erhöhte terminale Komplementarität förderte nicht die Replikation gegenüber der Transkription durch die BDV-Polymerase, was darauf hindeutet, dass das Gleichgewicht zwischen Replikation und Transkription nicht einfach eine Funktion der Stärke der terminalen Basenpaarung ist [11].
Replication cycle overview
Die Replikation von Bornaviren ist durch nukleäre RNA-Synthese und die nukleäre Organisation viraler RNPs definiert. Mehrere Quellen belegen, dass die BDV-Replikation und -Transkription im Zellkern in Assoziation mit infektiösen BDV-RNPs stattfinden, was etabliert, dass das funktionelle Template für die RNA-Synthese ein RNP-Komplex ist, der in der nukleären Umgebung agiert [4, 13]. Quantitative Fraktionierungs- und Markierungsexperimente zeigten ferner, dass der Großteil der neu synthetisierten BDV-RNA genomischer Polarität poly(A)− und nukleär ist, was die Schlussfolgerung stützt, dass die Genomreplikation im Zellkern infizierter Zellen erfolgt [13].
Für verschiedene virale RNA-Klassen ergibt sich ein konsistentes Kompartimentierungsmuster. Die BDV 9-kb poly(A)− RNA ist weitgehend nukleär, während neu synthetisierte poly(A)+-RNAs in das zytoplasmatische Kompartiment transportiert werden, was darauf hindeutet, dass mRNA-Export und Genomretention über die Kernhülle hinweg getrennt sind [13, 14]. Es wurde gezeigt, dass der Transport von BDV-mRNAs energieabhängig ist, was einen aktiven Export anstelle von passiver Diffusion als Schlüsselkontrollpunkt für die Genexpression bei einer nukleären Bornavirus-Infektion impliziert [20].
Bornaviren bilden zudem nukleäre Virusfabriken, die als „viral Speckles Of Transcripts“ (vSPOTs) bezeichnet werden und einen strukturellen Kontext für konzentrierte Transkription/Replikation und potenziell koordinierte RNA-Prozessierung im Kern bieten [1]. Bei BoDV-1 sind vSPOTs, die durch P-Protein-getriebene Flüssig-Flüssig-Phasentrennung gebildet werden, im Kern vorhanden und interagieren eng mit Chromatin, einschließlich des Andockens an neuronale DNA-Doppelstrangbrüche, wodurch Replikationsstellen mit spezifischen nukleären Substrukturen verknüpft werden [3]. In Übereinstimmung mit der zentralen Rolle von RNPs wurde berichtet, dass BDV-RNP-Komplexe, die nur die 9-kb-RNA-Spezies enthalten, die für die Transkription erforderliche Polymeraseaktivität besitzen und die genetische Information tragen, die benötigt wird, um die Synthese von BDV-Makromolekülen und die Produktion infektiöser BDV-Partikel zu steuern, was genomlange RNPs mit nachgeschalteten Schritten im viralen Lebenszyklus verbindet [21].
RNP and polymerase machinery
Die genomlange BDV-RNA ist in RNP-Komplexe verpackt, die N und den viralen RNA-abhängigen RNA-Polymerasekomplex enthalten, was die Kernmaschinerie als ein Nukleokapsid-Template definiert, das vom Polymerasekomplex gebunden wird [15]. Der RdRp-Komplex besteht aus P und L und ist für die Replikation und Transkription des viralen Genoms verantwortlich, wobei L als katalytische Untereinheit und P als essenzieller Polymerase-Cofaktor bei BDV etabliert ist [15]. Strukturelle und funktionelle Beschreibungen definieren L weiter als eine ~192 kDa große RdRp, die den Kern des Replikationskomplexes bildet, Transkription und Replikation durchführt, um virale mRNA und neue Genomkopien zu produzieren, und mit P assoziiert ist, um eine effiziente RNA-Synthese zu gewährleisten [16].
Die Proteininteraktionseigenschaften von P bieten mechanistische Einblicke in die Polymerasefunktion. P assoziiert selbst zu Oligomeren über eine zentrale Oligomerisierungsdomäne und schlägt die Brücke zwischen der RdRp und dem Nukleokapsid; zudem fungiert es als Chaperon für N, um es in einer RNA-freien Form zu halten, die für die Replikation benötigt wird, was ein Modell stützt, in dem P sowohl die Enzymrekrutierung als auch die Template-Bereitschaft koordiniert [3]. Konsistent untersuchte die experimentelle Störung der P-Oligomerisierung in einem Minireplikon-Assay, ob oligomerisierungsdefiziente P-Mutanten funktionelle Polymerasekomplexe rekonstituieren könnten; keine der P-Mutanten unterstützte die Reporterexpression, was darauf hindeutet, dass die P-Oligomerisierung unter diesen Bedingungen für die Polymeraseaktivität erforderlich ist [22]. Darüber hinaus wird die Cofaktor-Aktivität von P für die BDV-RdRp durch Phosphorylierung negativ reguliert, was einen expliziten posttranslationalen Regulierungshebel für die Polymerasefunktion darstellt [15].
Nukleoprotein-Isoformen von Bornaviren verbinden zudem die Proteinfunktion mit der intrazellulären Lokalisation. Experimente zur Expression von p40 und p38 zeigten, dass p40 primär nukleär, p38 hingegen primär zytoplasmatisch ist, doch beide binden das BDV-Phosphoprotein P, was darauf hindeutet, dass die isoformabhängige Lokalisation gekoppelt mit der P-Bindung modulieren könnte, wo die RNP-Assemblierung und/oder -Funktion stattfindet [9]. In Übereinstimmung mit einer Rolle von P beim nukleären Targeting enthält P ein starkes bipartites Kernlokalisierungssignal (NLS) an seinem Amino-Terminus sowie zusätzliche schwächere NLS-Motive, was den nukleären Import von polymerasehaltigen Komplexen als mechanistische Voraussetzung für die nukleäre RNA-Synthese stützt [9].
Schließlich kann das akzessorische Protein X die RNA-Synthese in rekonstituierten Systemen direkt herunterregulieren. Wenn BDV-Polymerasekomplexe in Zellen rekonstituiert wurden, die das X-Protein exprimierten, wurde keine Plus-Strang-Minigenom-RNA nachgewiesen, was darauf hindeutet, dass X in diesem Assay-Kontext sowohl die virale Transkription als auch die Replikation inhibiert [23]. Diese Beobachtungen stützen zusammen ein Maschinerie-Modell, in dem L und P den katalytischen Kern bilden, die P-Oligomerisierung und -Phosphorylierung die Polymerasekompetenz regulieren und akzessorische Faktoren wie X den Polymerase-Output unter definierten Bedingungen unterdrücken können [15, 23].
Nuclear trafficking
Bornaviren koppeln die nukleäre Replikation mit einem regulierten nukleozytoplasmatischen Transport von RNP-Komponenten und RNA-Spezies. Direkte Belege deuten darauf hin, dass die BDV-Replikation und -Transkription in Zellkernen stattfinden, in denen infektiöse BDV-RNPs vorhanden sind, und die Fraktionierung zeigt, dass neu synthetisierte RNA genomischer Polarität stark in der nukleären Fraktion angereichert ist, was einen funktionellen Impuls für nukleäre Import- und Exportwege zur Koordination des Lebenszyklus liefert [13, 21]. RNA-Transport-Assays zeigen, dass neu synthetisierte BDV-poly(A)+-RNAs effizient in das zytoplasmatische Kompartiment transportiert werden, während die 9-kb genomische RNA überwiegend nukleär bleibt, was ein RNA-klassen-spezifisches Exportverhalten demonstriert [14]. Darüber hinaus ist der mRNA-Transport energieabhängig, mit vernachlässigbarem Export in Abwesenheit von ATP, was aktive, von Wirtsfaktoren abhängige Exportmechanismen für virale mRNAs stützt [20].
Für den Proteintransport wird ein CRM1-abhängiger Export für das Nukleoprotein impliziert. Der nukleäre Export von N erfolgt über einen CRM1-abhängigen Weg, der mit einem NES übereinstimmt, und eine separate Aussage berichtet ebenfalls, dass der nukleäre Export von BoDV-N über einen CRM1-abhängigen Weg erfolgt, was auf eine Konservierung dieser Exportroute innerhalb der Bornaviren hindeutet [15, 24]. Weitergehende Reviews stellen zudem fest, dass mehrere BDV-Proteine (einschließlich Nukleoprotein, Phosphoprotein, X und L) zum nukleozytoplasmatischen Transport von BDV-RNP beitragen und dass die Richtungssteuerung wahrscheinlich durch die Verhältnisse und Interaktionen zwischen NLS- und NES-Elementen im RNP bestimmt wird, wodurch der Transport als eine emergente Eigenschaft konkurrierender Lokalisierungssignale und nicht als einzelner Determinant gerahmt wird [25].
Die Bildung nukleärer Virusfabriken bietet eine zusätzliche transportrelevante Organisationsebene. Bornaviren assemblieren vSPOTs im Kern, und BoDV-1-vSPOTs werden durch P-Protein-getriebene Flüssig-Flüssig-Phasentrennung gebildet und interagieren eng mit Chromatin, was die Diffusion einschränken und potenziell die Positionierung von Transkriptions-/Replikationsstellen relativ zu nukleären Orientierungspunkten des Wirts steuern kann [1, 3].
Reverse genetics and promoter elements
Cis-aktive regulatorische Signale der Bornaviren sind in nicht-translatierten Grenz- und Terminalregionen konzentriert. Bei BDV sind die ORFs von nicht-translatierten Grenzsequenzen flankiert, die regulatorische Signale für die Transkriptionsinitiation und den Stopp enthalten, was mit einer Mononegavirales-ähnlichen Architektur von Genstart- und Genendsignalen übereinstimmt, die das Verhalten der Polymerase entlang des Genoms leiten [8]. Eine abgeleitete BDV-Start-Konsensussequenz (UNCNNNUUNN) ist identisch mit derjenigen, die durch den Vergleich von NNS-RNA-Viren über mehrere Mononegavirales-Familien hinweg ermittelt wurde, was die Konservierung des vom Polymerase-Apparat verwendeten Initiationsmotivs stützt [4, 17]. Die Terminations-/Polyadenylierungssignale umfassen ein konserviertes AUUUUU-Hexamer am 5′-Ende jedes Terminations-/Polyadenylierungssignals, gefolgt von GG (oder CG in ORF II), während in einer Analyse keine mutmaßlichen Signale für ORF III identifiziert werden konnten, was sowohl auf Konservierung als auch auf Lücken in der Erkennbarkeit von Motiven über Gengrenzen hinweg hindeutet [4].
Reverse-Genetik- und Minigenom-Ansätze haben diese regulatorischen Elemente direkt getestet. Ein RNA-Polymerase-I/Polymerase-II-System wurde für die intrazelluläre Rekonstitution der BDV-RNA-Replikation und -Transkription etabliert, was eine kontrollierte Untersuchung der cis- und trans-aktiven Anforderungen ermöglicht [11]. In diesem System wird ein BDV-RNA-Analogon (Minigenom) durch zelluläre RNA-Polymerase I synthetisiert und enthält BDV 5′- und 3′-untranslatierte cis-aktive Sequenzen, die für die BDV-polymerase-vermittelte RNA-Synthese erforderlich sind, was die Terminalregionen mit der Promotorfunktion in Zellen verknüpft [11]. Die Enkapsidierung der von Polymerase I stammenden Minigenom-RNA durch plasmidgeliefertes BDV N und P erzeugt ein Template, das von der rekonstituierten BDV-Polymerase erkannt wird, um die Synthese von Antiminigenom-RNA in voller Länge (Replikation) und einer subgenomischen mRNA, die für ein Reportergen kodiert, zu steuern; dies demonstriert experimentell, dass die Enkapsidierung durch N und P ausreicht, um die RNA für die Polymerase-Erkennung und die RNA-Synthese mit dualem Output kompetent zu machen [11].
Die Promotorkartierung verfeinert das cis-aktive Modell weiter. Stromabwärts gelegene Sequenzen (Nukleotide 25 bis 33) waren für eine optimale Promotoraktivität erforderlich, und die Deletion der Nukleotide 34 bis 35 hob die Reporteraktivität in diesem Kontext auf, was kurze, positionsspezifische promotornahe Anforderungen in der 3′-genomischen Promotorregion identifizierte [12]. Zusammen stützen diese Daten eine Promotorarchitektur, in der kompakte terminale Sequenzen und nahegelegene stromabwärts gelegene Elemente die Initiation und die produktive Replikation/Transkription im rekonstituierten Polymerasesystem steuern [11, 12].
Persistence mechanisms
Die molekulare Persistenz von Bornaviren ist mit der Dynamik der Genomenden, der nukleären Replikation und einer spezialisierten nukleären Organisation verknüpft. Ein „Realign-and-Elongation“-Prozess erneuert die 3′-Termini von v- und cRNA-Molekülen von internen Templates während jeder Replikationsrunde und kann nur stattfinden, wenn die Termini vollständig sind, was einen expliziten mechanistischen Schritt darstellt, der als Qualitätskontroll-Checkpoint für die Genomintegrität fungiert [26]. Dieser Prozess bietet eine integrierte Qualitätskontrolle, die die Replikation von RNA-Molekülen mit terminalen Deletionen unterdrückt und die Logik der End-Reparatur mit der Selektion gegen defekte Replikationsintermediate verbindet [26]. Parallel dazu berichteten Analysen der genomischen Termini während einer langfristigen persistenten Infektion über einen höheren Grad an terminaler Heterogenität in RNAs aus persistent infizierten Zellen im Vergleich zu akuten Zeitpunkten, was darauf hindeutet, dass die Persistenz mit Verschiebungen in der Verteilung der Varianten der Genomenden einhergeht [11].
Persistenz ist zudem mit einem stabilen nukleären Kontext für RNPs assoziiert. Bornaviren wurden als einzigartig unter den bekannten tierischen NNS-RNA-Viren beschrieben, da sie im Zellkern replizieren und transkribieren, was den zellulären Kompartimentrahmen für eine langfristige nicht-zytolytische RNA-Synthese und die nukleäre Bearbeitung der Genomenden bietet [2]. Darüber hinaus konstruiert BoDV-1 seine vRNPs unter Verwendung von Wirtschromatin als Gerüst, eine Eigenschaft, die die Persistenz im Kern mechanistisch stützen kann, indem sie die Positionierung der vRNPs relativ zum Chromatin stabilisiert [27].
Die Modulation der Wirtsantwort wurde ebenfalls experimentell mit Infektionszuständen verknüpft. BDV-infizierte Zellen sekretierten nach einer Pam3CSK4-Aktivierung weniger SEAP als Mock-Zellen, was darauf hindeutet, dass BDV-infizierte Zellen die NF-κB-Signalgebung aktiv unterdrücken; dies stellt ein Korrelat auf molekularer Ebene für eine veränderte angeborene Signalgebung während einer persistenten Infektion dar [28].
Open questions
Mehrere molekulare Fragen bleiben offen oder bieten sich für gezielte Experimente auf der Grundlage der oben zusammengefassten mechanistischen Erkenntnisse an.
- Welche sequenziellen und strukturellen Determinanten steuern die BDV-Terminationseffizienz und die hohe Frequenz von Readthrough-Transkripten, insbesondere an T3, wo das Readthrough für die Polymeraseexpression essenziell ist [5, 9]?
- Wie interagieren alternative Spleißereignisse in den 2,8-kb- und 7,1-kb-RNAs mit der Nutzung von Transkriptionsgrenzen, um korrekte Stöchiometrien von G- und Polymerase-bezogenen Produkten zu erzielen, einschließlich Fällen, in denen die L-Expression Spleißen und die Suppression der Termination erfordert [6, 10]?
- Wie ist das quantitative Verhältnis zwischen der während der Persistenz beobachteten terminalen Heterogenität und der Promotoraktivität, da eine perfekte terminale Komplementarität nicht für eine hohe Promotoraktivität erforderlich ist und die Termini während einer Langzeitinfektion diversifizieren [11]?
- Wie wird der Qualitätskontrollschritt des Realign-and-Elongation mit der nukleären RNP-Organisation koordiniert, wenn man bedenkt, dass die Erneuerung der 3′-Termini von internen Templates abgeleitet wird und die Replikation von terminal deletierten RNAs unterdrückt [26]?
- Welche Wirtsfaktoren und nukleären Orientierungspunkte steuern die Bildung und Positionierung von P-getriebenen phasenseparierten vSPOTs, die mit Chromatin interagieren und an neuronale DNA-Doppelstrangbrüche andocken [3]?
- Wie integrieren sich der CRM1-abhängige Export von Nukleoprotein und der energieabhängige mRNA-Export, um die Kompartimentierung von poly(A)+-RNAs gegenüber poly(A)− genomischer RNA über die Kernhülle hinweg zu regulieren [13, 15, 20]?
- Durch welchen molekularen Mechanismus unterdrückt das X-Protein die Akkumulation von Minigenom-RNA, und wie überschneidet sich diese Unterdrückung mit der von der P-Phosphorylierung abhängigen negativen Regulierung der Polymerase-Cofaktor-Aktivität [15, 23]?
