Abstract
Bornavirüsler (örn. Borna hastalığı virüsü, BDV; Borna hastalığı virüsü 1, BoDV-1), hayvansal segmentli olmayan negatif sarmallı RNA (NNS-RNA) virüsleri arasındaki en belirgin özellikleri genom transkripsiyonu ve replikasyonunun ağırlıklı olarak sitoplazmada değil, konak hücre çekirdeğinde gerçekleşmesi olan segmentli olmayan, negatif anlamlı tek sarmallı RNA virüsleridir[1–3]. BDV üzerine yapılan moleküler çalışmalar, az sayıda transkripsiyon ünitesi şeklinde organize olmuş birden fazla açık okuma çerçevesine sahip ve viral RNA sentezi için promotörler ve düzenleyici sınırlar olarak işlev gören ekstrasistronik terminal sekanslarla çevrelenmiş yaklaşık 8.9–9 kb'lık kompakt bir genom tanımlamıştır[4–8]. Gen ekspresyonu karmaşıktır ve hem mono- hem de polisistronik poli(A)+ RNA'ların üretimini, terminasyon bölgelerinde sık sık okuma (readthrough) olayını ve bazı transkript bağlamlarında polimeraz (L) dahil temel ürünlerin ekspresyonu için uç birleştirme (splicing) kullanımını içerir[4–6, 9, 10]. Fonksiyonel rekonstitüsyon ve minigenom sistemleri, 3′ genomik uçtaki cis-etkili promotör gereksinimlerini haritalamış ve N ile P'nin, hem replikatif hem de transkript ürünleri oluşturmak üzere L/P polimeraz kompleksi tarafından tanınan kalıpları enkapside ettiğini göstermiştir[11, 12]. Çekirdek organizasyonu ve trafiği, viral "transkript benekleri" (vSPOTs) ve nükleoproteinin CRM1'e bağlı dışa aktarımı ile RNP dinamiklerine ve poli(A)+ ile poli(A)− viral RNA'ların bölmelere ayrılmasına katkıda bulunarak replikasyon programını daha da şekillendirir[3, 13–15].
Keywords
- Bornavirus[1]
- Borna disease virus[4]
- segmentli olmayan negatif sarmallı RNA virüsü[4]
- çekirdek replikasyonu[2]
- transkripsiyon okuması (readthrough)[5]
- vSPOTs[3]
- minigenom[11]
- CRM1 dışa aktarımı[15]
- fosfoprotein P[15]
- RNA-bağımlı RNA polimeraz L[16]
Introduction
Bornavirüsler, promotör ve gen başlangıç konsensüs sekansları Mononegavirales ailelerinde gözlenen modellerle uyumlu olan ve cis-etkili başlangıç elemanları düzeyinde ortak bir negatif sarmal transkripsiyon mantığına işaret eden NNS-RNA virüsleridir[4, 17]. Merkezi bir mekanistik fark, çoğu mononegavirüsün esas olarak sitoplazmada replike olmasına karşın, bornavirüslerin çekirdekte replike olması ve burada viral RNA sentezi için özelleşmiş nükleer bölgeler oluşturmasıdır[1, 3]. Deneysel kanıtlar, BDV replikasyonu ve transkripsiyonunun enfekte hücrelerin çekirdeklerinde gerçekleştiğini ve enfeksiyöz ribonükleoprotein kompleksleri (BDV-RNPs) ile ilişkili olduğunu spesifik olarak destekleyerek, bornaviral RNA sentezinin nükleer RNP'ler bağlamında yürütüldüğünü vurgulamaktadır[4, 13]. Nükleer lokalizasyon, yeni sentezlenen genomik polariteli BDV RNA'sının çoğunun poli(A)− olduğunu ve büyük ölçüde nükleer fraksiyonda bulunduğunu gösteren hücre fraksiyonasyonu ile daha da desteklenmektedir; bu durum genomik RNA'nın nükleer replikasyonu ile uyumludur[13].
Genome organization
BDV genom dizilemesi ve haritalaması, genom genelinde öngörülen ana açık okuma çerçevelerine sahip ve her iki uçta kodlamayan sekanslarla çevrelenmiş yaklaşık 8.9 kb'lık lineer bir genom tanımlamıştır[4, 5]. Bir raporda, 8,903-nt'lik bir BDV genom dizisinde beş ana ORF (I–V) öngörülürken, BDV genomunun başka bir tanımı (8,910 nt) benzer şekilde 3′ ucunda 53 nt ve 5′ ucunda 91 nt'lik kodlamayan sekansla çevrelenmiş beş ana ORF için antisens bilgisi kaydetmiştir[4, 5]. Beş ORF'lik çerçeveye ek olarak, antigenom düzeyindeki haritalama üç transkripsiyon ünitesi ve altı ORF tanımlamış ve derleme düzeyindeki özetler de benzer şekilde BDV'yi, diğer NNS RNA virüslerini andıran tamamlayıcı uçlarla çerçevelenmiş üç transkripsiyon ünitesinde altı ORF kodlayan bir yapı olarak tanımlamaktadır[6, 7].
En büyük kodlama bölgesi (ORF V), NNS-RNA virüs polimerazlarının L-protein ailesi ile güçlü homoloji gösteren yaklaşık 170 kDa'lık öngörülen bir proteini kodlar; bu da viral RNA-bağımlı RNA polimerazı, kanonik negatif sarmal düzeninde gen setinin 5′-proksimal ucuna yerleştirir[4]. Korunmuş sekans analizi, NNS-RNA virüsleri arasındaki polimeraz fonksiyonu üzerindeki korunmuş enzimatik kısıtlamalarla uyumlu olarak, dört yüksek düzeyde korunmuş motif (A–D) içinde kümelenmiş invaryant ve konservatif olarak korunan kalıntılara sahip varsayılan bir katalitik alanda en yüksek homolojiyi tanımlamıştır[18]. Enfeksiyöz BDV-RNP'lerin yalnızca bir BDV RNA türü, yani poli(A)− negatif polariteli 9-kb RNA içerdiği bildirilmiştir; bu durum genom uzunluğundaki poli(A)− RNA'nın enfeksiyöz RNP'lerdeki enkapside edilmiş kalıp türü olduğunu desteklemektedir[13].
Bornavirüs genomları ayrıca, transkripsiyon başlatma ve durdurma sinyallerini içeren, çevrilmemiş sınır sekanslarıyla çevrelenmiş ORF'ler ile NNS-RNA virüslerine özgü düzenleyici sınır bölgelerini taşır[8]. Terminal sekanslar, bir sap-ilmek (panhandle) benzeri yapı oluşturmak üzere baz eşleşmesi yapabilir ve BDV'de genomik uçların hizalanması, ilk 3 nükleotidin eşleşmediği bir terminal panhandle oluşumuna izin vererek, terminal komplementariteyi mükemmel bir dupleks gerektirmeden promotör mimarisine bağlamıştır[5]. Önemli bir nokta olarak, BDV genomik uçlarının analizleri, uzun süreli persistans sırasında hem mükemmel terminal komplementarite eksikliği hem de artan terminal sekans heterojenliği bildirmiş; bu da cis-etkili terminal bölgelerin değişken olmasına rağmen enfeksiyon durumları genelinde fonksiyonel olarak tolere edildiğini göstermiştir[11].
To concisely summarize genome and gene-expression architecture as described in these sources, the table below contrasts several frequently cited organizational features.
Transcription and gene expression
BDV'deki bornavirüs gen ekspresyonu, negatif anlamlı genomla tamamlayıcı olan birden fazla poliadenillenmiş subgenomik RNA'yı içerir; bir çalışma, ORF I, II ve IV'e karşılık gelen monosistronik mRNA'lar ve altı polisistronik poli(A)+ RNA dahil olmak üzere dokuz poliadenillenmiş subgenomik RNA türü tanımlamıştır[4]. Aynı analizde, ORF III ve V için monosistronik poli(A)+ RNA'lar tespit edilmemiştir, bu da BDV'de bazı kodlama bölgelerinin ekspresyonunun basit monosistronik mesajlar tarafından domine edilmediğini göstermektedir[4]. Northern analizleri ayrıca BDV'nin hem mono- hem de polisistronik RNA'ları transkribe ettiğini ve diğer negatif sarmallı RNA virüslerini andıran terminasyon/poliadenilasyon sinyallerini kullandığını göstermiştir; bu durum terminasyon bölgelerinin ötesinde sık sık transkript sürekliliği sağlayan bir dur-başla transkripsiyon programıyla uyumludur[5].
Terminasyon ve poliadenilasyon, ayrık bölgeleri ve tanınabilir bir sinyali içerir. Northern hibridizasyon deneyleri, spesifik terminasyon bölgelerinin (T2, T3, T5 ve T7) kullanımını desteklemiş ve bir terminasyon/poliadenilasyon sinyali konsensüs sekansı tanımlayarak transkript sınırları ve okuma eğilimi için moleküler işaretler sağlamıştır[5]. BDV, diğer negatif sarmallı RNA virüslerine kıyasla yüksek okuma (readthrough) transkript sıklığı ile de dikkat çekicidir, bu da terminasyon verimliliğinin sistematik olarak ayarlandığını ve mekanistik olarak temel olabileceğini ima eder[5]. Nitekim, T3'ün okunması p190 (polimeraz proteini) ekspresyonu için esastır ve terminasyon baskılanmasını doğrudan polimeraz mevcudiyetine, dolayısıyla replikasyon ve transkripsiyon kapasitesine bağlar[9].
BDV mRNA'ları kepli (capped) ve poliadenillenmiştir; bu da nükleer replikasyon nişine rağmen mRNA olgunlaşmasının translasyona yetkin RNA'ların üretimi ile tutarlı olduğunu gösterir[19]. 2.8-kb ve 7.1-kb RNA'ların, G ve polimeraz ile ilgili proteinler dahil olmak üzere birden fazla ürünü kodlayan RNA'ları oluşturmak üzere diferansiyel olarak birleştirilen iki intron içermesi nedeniyle, uç birleştirme (splicing) yoluyla ek kodlama çeşitliliği oluşturulur; ayrıca L ekspresyonunun uç birleştirme ve terminasyonun baskılanmasını gerektirdiği yönünde ayrı ifadeler bulunmaktadır[6, 10]. Başlatma ve promotör yapısı düzeyinde, yüksek promotör aktivitesi için mükemmel terminal komplementarite gerekli görünmemektedir ve artan terminal komplementarite, BDV polimerazı tarafından replikasyonu transkripsiyona karşı teşvik etmemiştir; bu da replikasyon-transkripsiyon dengesinin yalnızca terminal baz eşleşme gücünün bir fonksiyonu olmadığını göstermektedir[11].
Replication cycle overview
Bornavirüs replikasyonu, nükleer RNA sentezi ve viral RNP'lerin nükleer organizasyonu ile tanımlanır. Birden fazla kaynak, BDV replikasyonu ve transkripsiyonunun enfeksiyöz BDV-RNP'lerle ilişkili olarak çekirdekte gerçekleştiğine dair kanıtlar sunarak, RNA sentezi için fonksiyonel kalıbın nükleer ortamda çalışan bir RNP kompleksi olduğunu ortaya koymaktadır[4, 13]. Kantitatif fraksiyonasyon ve etiketleme deneyleri ayrıca, yeni sentezlenen BDV genomik polariteli RNA'nın çoğunun poli(A)− ve nükleer olduğunu göstermiş; bu da genom replikasyonunun enfekte hücrelerin çekirdeğinde gerçekleştiği sonucunu desteklemiştir[13].
Farklı viral RNA sınıfları için tutarlı bir bölmelere ayrılma modeli ortaya çıkmaktadır. BDV 9-kb poli(A)− RNA büyük ölçüde nükleerdir, yeni sentezlenen poli(A)+ RNA'lar ise sitoplazmik bölmeye taşınır; bu da mRNA dışa aktarımı ve genom tutulmasının nükleer zarf boyunca birbirinden ayrıldığını gösterir[13, 14]. BDV mRNA'larının taşınmasının enerjiye bağımlı olduğu gösterilmiştir; bu durum nükleer bornavirüs enfeksiyonunda gen ekspresyonu için pasif difüzyon yerine aktif dışa aktarımın temel bir kontrol noktası olduğunu ima eder[20].
Bornavirüsler ayrıca, çekirdekte konsantre transkripsiyon/replikasyon ve potansiyel olarak koordineli RNA işlenmesi için yapısal bir bağlam sağlayan "viral transkript benekleri" (vSPOTs) olarak tanımlanan nükleer viral fabrikalar kurarlar[1]. BoDV-1'de, P proteini tarafından yönlendirilen sıvı-sıvı faz ayrışmasıyla oluşan vSPOTs, çekirdekte bulunur ve nöronal DNA çift zincir kırıklarına kenetlenme dahil olmak üzere kromatin ile yakından etkileşime girerek replikasyon bölgelerini spesifik nükleer alt yapılara bağlar[3]. RNP'lerin merkeziyeti ile uyumludur; yalnızca 9-kb RNA türünü içeren BDV-RNP komplekslerinin, transkripsiyon için gereken polimeraz aktivitesine sahip olduğu ve BDV makromoleküllerinin sentezini ve enfeksiyöz BDV partiküllerinin üretimini yönlendirmek için gereken genetik bilgiyi taşıdığı bildirilmiştir; bu da genom uzunluğundaki RNP'leri viral yaşam döngüsündeki sonraki adımlara bağlar[21].
RNP and polymerase machinery
BDV genom uzunluğundaki RNA, N ve viral RNA-bağımlı RNA polimeraz kompleksini içeren RNP kompleksleri halinde paketlenir; bu da temel mekanizmayı polimeraz kompleksi tarafından bağlanan bir nükleokapsid kalıbı olarak tanımlar[15]. RdRp kompleksi P ve L'den oluşur ve viral genomun replikasyonu ile transkripsiyonundan sorumludur; bu durum BDV'de L'yi katalitik alt birim ve P'yi temel bir polimeraz kofaktörü olarak konumlandırır[15]. Yapısal ve fonksiyonel tanımlamalar, L'yi replikasyon kompleksinin çekirdeğini oluşturan, viral mRNA ve yeni genom kopyaları üretmek için transkripsiyon ve replikasyon gerçekleştiren ve verimli RNA sentezi için P ile birleşen yaklaşık 192 kDa'lık bir RdRp olarak daha da tanımlamaktadır[16].
P'nin protein etkileşim özellikleri polimeraz fonksiyonuna dair mekanistik içgörü sağlar. P, merkezi bir oligomerizasyon alanı aracılığıyla oligomerler halinde kendi kendine birleşir ve RdRp ile nükleokapsid arasında köprü kurar; ayrıca replikasyon için gereken RNA'sız formda tutmak üzere N'ye refakat eder, bu durum P'nin hem enzim alımını hem de kalıp hazırlığını koordine ettiği bir modeli destekler[3]. Tutarlı bir şekilde, bir minireplikon testinde P oligomerizasyonunun deneysel olarak bozulması, oligomerizasyon kusurlu P mutantlarının fonksiyonel polimeraz komplekslerini yeniden oluşturup oluşturamayacağını incelemiş ve P mutantlarının hiçbirinin raportör ekspresyonunu desteklemediği görülmüştür; bu da bu koşullar altında polimeraz aktivitesi için P oligomerizasyonunun gerekli olduğunu gösterir[22]. Ek olarak, BDV RdRp için P'nin kofaktör aktivitesi fosforilasyon ile negatif olarak düzenlenir ve polimeraz fonksiyonu için açık bir translasyon sonrası düzenleyici kaldıraç sağlar[15].
Bornavirüs nükleoprotein izoformları da protein fonksiyonunu hücre içi lokalizasyona bağlar. p40 ve p38'i eksprese eden deneyler, p40'ın öncelikle nükleer, p38'in ise öncelikle sitoplazmik olduğunu göstermiş, ancak her ikisi de BDV fosfoprotein P'ye bağlanarak P bağlanmasıyla birleşen izoforma bağlı lokalizasyonun RNP montajının ve/veya fonksiyonunun gerçekleştiği yeri modüle edebileceğini düşündürmüştür[9]. P için nükleer hedefleme rolüyle uyumlu olarak, P amino ucunda güçlü bir bipartit nükleer lokalizasyon sinyali (NLS) ve ek daha zayıf NLS motifleri içerir; bu da polimeraz içeren komplekslerin nükleer içe aktarımını nükleer RNA sentezi için mekanistik bir ön koşul olarak destekler[9].
Son olarak, aksesuar protein X, rekonstitüe sistemlerde RNA sentezi doğrudan aşağı doğru modüle edebilir. BDV polimeraz kompleksleri X proteini eksprese eden hücrelerde rekonstitüe edildiğinde, hiçbir artı sarmal minigenom RNA'sı tespit edilmemiş; bu durum X'in bu test bağlamında hem viral transkripsiyonu hem de replikasyonu inhibe ettiğini düşündürmüştür[23]. Bu gözlemler birlikte, L ve P'nin katalitik çekirdeği oluşturduğu, P oligomerizasyonu ve fosforilasyonunun polimeraz yetkinliğini düzenlediği ve X gibi aksesuar faktörlerin tanımlanmış koşullar altında polimeraz çıktısını baskılayabildiği bir mekanizma modelini desteklemektedir[15, 23].
Nuclear trafficking
Bornavirüsler, nükleer replikasyonu RNP bileşenlerinin ve RNA türlerinin düzenli nükleositoplazmik trafiği ile birleştirir. Doğrudan kanıtlar, BDV replikasyonu ve transkripsiyonunun enfeksiyöz BDV RNP'lerinin bulunduğu çekirdeklerde gerçekleştiğini gösterir ve fraksiyonasyon, yeni sentezlenen genomik polariteli RNA'nın nükleer fraksiyonda güçlü bir şekilde zenginleştiğini belirterek yaşam döngüsünü koordine etmek için nükleer içe ve dışa aktarım yollarına fonksiyonel bir itici güç sağlar[13, 21]. RNA taşıma testleri, yeni sentezlenen BDV poli(A)+ RNA'larının sitoplazmik bölmeye verimli bir şekilde taşındığını, 9-kb genomik RNA'nın ise çoğunlukla nükleer kaldığını göstererek RNA sınıfına özgü dışa aktarım davranışı sergilemektedir[14]. Ayrıca, mRNA taşınması enerjiye bağımlıdır; ATP yokluğunda ihmal edilebilir düzeyde dışa aktarım gerçekleşmesi, viral mRNA'lar için aktif, konak faktörüne bağımlı dışa aktarım mekanizmalarını destekler[20].
Protein trafiği için, nükleoprotein için CRM1'e bağlı dışa aktarım söz konusudur. N'nin nükleer dışa aktarımı, bir NES ile uyumlu CRM1'e bağlı bir yolak aracılığıyladır; ayrı bir ifade de benzer şekilde BoDV-N'nin nükleer dışa aktarımının CRM1'e bağlı bir yolak aracılığıyla gerçekleştiğini bildirerek bu dışa aktarım rotasının bornavirüsler içinde korunduğunu göstermektedir[15, 24]. Daha geniş derlemeler ayrıca, birkaç BDV proteininin (nükleoprotein, fosfoprotein, X ve L dahil) BDV RNP'nin nükleositoplazmik trafiğine katkıda bulunduğunu ve yönsel kontrolün muhtemelen RNP'deki NLS ve NES elemanları arasındaki oranlar ve etkileşimler tarafından belirlendiğini belirterek trafiği tek bir belirleyiciden ziyade rekabet eden lokalizasyon sinyallerinin ortaya çıkan bir özelliği olarak çerçevelemektedir[25].
Nükleer viral fabrika oluşumu, trafikle ilgili ek bir organizasyonel seviye sağlar. Bornavirüsler çekirdekte vSPOTs oluştururlar ve BoDV-1 vSPOTs, P proteini tarafından yönlendirilen sıvı-sıvı faz ayrışmasıyla oluşur ve difüzyonu kısıtlayabilen ve potansiyel olarak transkripsiyon/replikasyon bölgelerinin konak nükleer işaretlerine göre konumlandırılmasını yönlendirebilen kromatin ile yakından etkileşime girer[1, 3].
Reverse genetics and promoter elements
Bornavirüs cis-etkili düzenleyici sinyalleri, çevrilmemiş sınır ve terminal bölgelerinde yoğunlaşmıştır. BDV'de ORF'ler, genom boyunca polimeraz davranışına rehberlik eden gen başlangıç ve gen sonu sinyallerinden oluşan Mononegavirales benzeri bir mimari ile uyumlu olarak, transkripsiyon başlatma ve durdurma için düzenleyici sinyaller içeren çevrilmemiş sınır sekanslarıyla çevrelenmiştir[8]. Çıkarılan bir BDV başlangıç konsensüs sekansı (UNCNNNUUNN), birden fazla Mononegavirales ailesindeki NNS-RNA virüslerinin karşılaştırılmasıyla çıkarılan sekansla özdeştir; bu durum polimeraz mekanizması tarafından kullanılan başlatma motifinin korunduğunu destekler[4, 17]. Terminasyon/poliadenilasyon sinyalleri, her bir terminasyon/poliadenilasyon sinyalinin 5′ ucunda korunmuş bir AUUUUU altılısını takiben GG (veya ORF II'de CG) içerirken, bir analizde ORF III için varsayılan sinyaller tanımlanamamıştır; bu da gen sınırları genelinde motif saptanabilirliğinde hem korunum hem de boşluklar olduğunu gösterir[4].
Ters genetik ve minigenom yaklaşımları bu düzenleyici elemanları doğrudan test etmiştir. BDV RNA replikasyonu ve transkripsiyonunun hücre içi rekonstitüsyonu için bir RNA polimeraz I/polimeraz II sistemi kurulmuş ve cis- ve trans-etkili gereksinimlerin kontrollü bir şekilde incelenmesine olanak sağlanmıştır[11]. Bu sistemde, bir BDV RNA analoğu (minigenom), hücresel RNA polimeraz I tarafından sentezlenir ve hücrelerde promotör fonksiyonuna terminal bölgeleri bağlayan, BDV polimeraz aracılı RNA sentezi için gereken BDV 5′ ve 3′ çevrilmemiş cis-etkili sekanslarını içerir[11]. Polimeraz I türevli minigenom RNA'sının plazmid tarafından sağlanan BDV N ve P ile enkapsidasyonu, tam uzunlukta antiminigenom RNA'sının (replikasyon) ve bir raportör geni kodlayan subgenomik mRNA'nın sentezini yönlendirmek üzere rekonstitüe edilmiş BDV polimerazı tarafından tanınan bir kalıp oluşturur; bu durum N ve P enkapsidasyonunun, RNA'yı polimeraz tanıması ve çift çıktılı RNA sentezi için yetkin kılmak adına yeterli olduğunu deneysel olarak kanıtlamaktadır[11].
Promotör haritalaması, cis-etkili modeli daha da geliştirmektedir. Optimal promotör aktivitesi için aşağı akış sekansları (nükleotid 25 ila 33) gerekliydi ve nükleotid 34 ila 35'in delesyona uğraması bu bağlamda raportör aktivitesini ortadan kaldırarak, 3′ genomik promotör bölgesinde kısa, konuma özgü promotör-proksimal gereksinimleri tanımlamıştır[12]. Birlikte bu veriler, kompakt terminal sekansların ve yakındaki aşağı akış elemanlarının rekonstitüe polimeraz sisteminde başlatmayı ve üretken replikasyonu/transkripsiyonu yönettiği bir promotör mimarisini desteklemektedir[11, 12].
Persistence mechanisms
Bornavirüs moleküler persistansı; genom ucu dinamikleri, nükleer replikasyon ve özelleşmiş nükleer organizasyon ile bağlantılıdır. Bir "yeniden hizalama ve uzama" (realign-and-elongation) süreci, her replikasyon turunda v- ve cRNA moleküllerinin 3′ uçlarını dahili kalıplardan yeniler ve bu durum yalnızca uçlar tam ise gerçekleşebilir; bu, genom bütünlüğü için bir kalite kontrol kontrol noktası görevi gören açık bir mekanistik adım sağlar[26]. Bu süreç, terminal delesyonları olan RNA moleküllerinin replikasyonunu baskılayan entegre bir kalite kontrolü sağlayarak uç onarım mantığını kusurlu replikasyon ara ürünlerine karşı seçilimle birleştirir[26]. Paralel olarak, uzun süreli persistan enfeksiyon sırasında genomik uçların analizleri, persistan enfekte hücrelerden gelen RNA'larda akut zaman noktalarına kıyasla daha yüksek derecede terminal heterojenlik bildirmiştir; bu da persistansa genom ucu varyantlarının dağılımındaki kaymaların eşlik ettiğini göstermektedir[11].
Persistans ayrıca RNP'ler için stabil bir nükleer bağlam ile ilişkilidir. Bornavirüsler, bilinen hayvansal NNS RNA virüsleri arasında çekirdekte replike olan ve transkribe olan tek virüs grubu olarak tanımlanmış olup; bu durum uzun süreli sitolitik olmayan RNA sentezi ve nükleer genom ucu işlenmesi için hücresel bölme ortamı sağlar[2]. Ek olarak BoDV-1, vRNP'lerini bir iskele olarak konak kromatini kullanarak inşa eder; bu özellik vRNP konumlanmasını kromatine göre stabilize ederek çekirdekteki persistansı mekanistik olarak destekleyebilir[27].
Konak yanıtı modülasyonu da enfeksiyon durumlarıyla deneysel olarak ilişkilendirilmiştir. BDV ile enfekte hücreler, Pam3CSK4 aktivasyonundan sonra mock hücrelerden daha az SEAP salgılamıştır; bu durum BDV ile enfekte hücrelerin NF-κB sinyalini aktif olarak baskıladığını düşündürerek persistan enfeksiyon sırasında değişen doğuştan gelen sinyalizasyon için moleküler düzeyde bir korelasyon sağlar[28].
Open questions
Yukarıda özetlenen mekanistik bulgulara dayanarak birkaç moleküler soru cevapsız kalmıştır veya hedeflenmiş deneyler için konumlandırılmıştır.
- Hangi sekans ve yapısal belirleyiciler BDV terminasyon verimliliğini ve özellikle polimeraz ekspresyonu için okumanın (readthrough) zorunlu olduğu T3'teki yüksek okuma transkript sıklığını kontrol etmektedir[5, 9]?
- 2.8-kb ve 7.1-kb RNA'lardaki alternatif uç birleştirme (splicing) olayları, L ekspresyonunun uç birleştirme ve terminasyonun baskılanmasını gerektirdiği durumlar dahil olmak üzere, G ve polimeraz ile ilgili ürünlerin doğru stokiyometrilerini sağlamak için transkripsiyonel sınır kullanımıyla nasıl etkileşime girmektedir[6, 10]?
- Yüksek promotör aktivitesi için mükemmel terminal komplementaritenin gerekli olmadığı ve uçların uzun süreli enfeksiyon sırasında çeşitlendiği göz önüne alındığında, persistans sırasında gözlenen terminal heterojenlik ile promotör aktivitesi arasındaki kantitatif ilişki nedir[11]?
- 3′ uç yenilenmesinin dahili kalıplardan türetildiği ve terminal olarak delesyona uğramış RNA'ların replikasyonunu baskıladığı düşünüldüğünde, yeniden hizalama ve uzama (realign-and-elongation) kalite kontrol adımı nükleer RNP organizasyonu ile nasıl koordine edilmektedir[26]?
- Kromatin ile etkileşime giren ve nöronal DNA çift zincir kırıklarına kenetlenen, P-güdümlü faz ayrışmalı vSPOTs'ların oluşumunu ve konumlanmasını hangi konak faktörleri ve nükleer işaretler yönetmektedir[3]?
- Nükleoproteinin CRM1'e bağlı dışa aktarımı ve enerjiye bağımlı mRNA dışa aktarımı, poli(A)+ RNA'lara karşı poli(A)− genomik RNA'nın nükleer zarf boyunca bölmelere ayrılmasını düzenlemek için nasıl bütünleşmektedir[13, 15, 20]?
- X proteini hangi moleküler mekanizma ile minigenom RNA birikimini baskılamaktadır ve bu baskılama, polimeraz kofaktör aktivitesinin P fosforilasyonuna bağımlı negatif düzenlemesi ile nasıl kesişmektedir[15, 23]?
